Среди прекрасных тропических морских стихий, в районе Большого барьерного рифа в уединении живет рыба-клоун по имени Марлин. Он растит своего единственного сыночка Немо. Океан и существующие в нем опасности очень страшат Марлина, и он как может ограждает сына от них, но молодой Немо, страдающий излишним любопытством, очень хочет разузнать побольше о таинственном рифе, рядом с которым они живут.

Когда Немо по иронии судьбы оказывается вдалеке от дома, да и еще сталкивается с угрозой стать обедом рыбы-танка, Марлин отправляется на поиски сына. Но Марлин, конечно же, понимает, что героический спасатель из него не получится и просит о помощи в поисках, Дори, королевскую синюю рыбу, которая хоть и страдает от того, что почти ничего не помнит, но добрее ее не отыскать во всем безбрежном океане!

Итак, наши герои отправляются в путешествие, в котором их подкарауливают многочисленные трудности и опасности...